இந்திய அணியில் 2004 ஆம் ஆண்டு இறுதியில் அறிமுகமானார் தோனி. தன்னுடைய திறமையான இன்னிங்ஸ்களை வெளிப்படுத்தி 2007 ஆம் ஆண்டே இந்திய டி 20 அணிக்குக் கேப்டனாக நியமிக்கப்பட்டார். அதன் பின்னர் படிப்படியாக ஒருநாள் மற்றும் டெஸ்ட் போட்டிகளின் கேப்டன் பதவியையும் பெற்று இந்திய அணியை சிறப்பாக வழிநடத்தினார்.
2007 ஆம் ஆண்டு டி 20 உலகக் கோப்பை, 2011 ஆம் ஆண்டு 50 ஓவர் உலகக் கோப்பை மற்றும் 2013 ஆம் ஆண்டு சாம்பியன்ஷிப் ஆகிய கோப்பைகளை அவர் தலைமையில் இந்திய அணி வென்றது. 2019 ஆம் ஆண்டுக்கு பிறகு சர்வதேச போட்டிகளில் இருந்து விலகிய தோனி இப்போது ஐபிஎல் போட்டிகளில் மட்டும் விளையாடி வருகிறார். அடுத்த ஆண்டு ஐபிஎல் தொடரோடு அவர் ஓய்வு பெறுவார் என எதிர்பார்க்கப்படுகிறது.
இந்த ஆண்டு தொடருக்கு தயாராகி வரும் தோனி சமீபத்தில் ஒரு கலந்துரையாடல் நிகழ்ச்சியில் கலந்துகொண்டார். அப்போது அவரிடம் தொகுப்பாளர் “எல்லா வீரர்களும் சிஎஸ்கே அணிக்கு வந்தால் மட்டும் எப்படி சிறப்பாக விளையாடுகிறார்கள்?” என்ற கேள்வி கேட்கப்பட்டது.
அதற்கு பதிலளித்துள்ள தோனி “இதற்குப் பின்னால் உள்ள ரகசியத்தை நான் வெளியே சொன்னால், அதன் பிறகு யாருமே என்னை அணியில் எடுக்க மாட்டார்கள். மிகப்பெரிய கோலா நிறுவனங்கள் வெளிப்படையாக வெளியே சொல்லுமா?. அதனால் அந்த ரகசியத்தை மட்டும் நான் வெளியே சொல்ல மாட்டேன்” எனக் கூறியுள்ளார்.