சிபிஐ பாடத்திட்டத்தில் முகலாய ஆட்சியின் வரலாறு நீக்கப்பட்டதற்கு மதிமுக பொதுச் செயலாளர் வைகோ கண்டனம் தெரிவித்துள்ளார்,
முகலாய ஆட்சி குறித்த பாடங்களை நீக்கி அதன் பின்னணியில் ஆர்எஸ்எஸின் சிந்தனை போக்கு உள்ளது என்று கூறியுள்ளார் வைகோ, முகலாய மன்னர்களின் பாடங்களை நீக்கியதில் இருந்து ஆர்எஸ்எஸின் சிந்தனை போக்கு வெளிப்பட்டுள்ளது என்றும் கூறியுள்ளார்.
மேலும் ஒரே நாடு, ஒரே மதம், ஒரே பண்பாடு, ஒரே மொழி என்னும் இந்து ராஷ்டிரா கொள்கைக்கு வலுச் சேர்க்க வரலாற்று உண்மைகளை மறைத்து பள்ளி பாடங்களை மாற்றுவது கடும் கண்டனத்துக்குரியது என்று வைகோ தெரிவித்துள்ளார். வைகோவின் இந்த கருத்து பெரும் பரபரப்பை ஏற்படுத்தியுள்ளது,