விழுப்புரத்தில் ஜெயலலிதா பெயரில் நிறுவப்பட்டுள்ள பல்கலைக்கழகத்தைத் தொடருமாறு அதிமுக சார்பில் சட்டப்பேரவையில் வலியுறுத்தப்பட்டது. ஆனால், அதை அண்ணாமலை பல்கலைக்கழகத்துடன் இணைப்பதாக அரசு தரப்பில் தெரிவிக்கப்பட்டது.
இது தொடர்பான விவாதத்தின்போது மறைந்த முதலவர் ஜெயலலிதா பெயரில் இந்த பல்கலைக்கழகம் இருப்பதால் அதை ஆளுங்கட்சி நிராகரிக்கிறது எனவும் பல்கலைக்கழக விவகாரத்தில் திமுக அரசு காழ்ப்புணர்ச்சியுடன் செயல்படுவதாகவும் முன்னாள் அமைச்சர் அன்பழகன் குறை கூறியிருந்தார்.
இதற்கு பதிலளித்த முதல்வர் முக ஸ்டாலின், " ஜெயலலிதா பல்கலைக்கழக விவகாரத்தில் தமிழ்நாடு அரசு காழ்ப்புணர்ச்சியுடன் நடந்து கொள்ளவில்லை. காழ்ப்புணர்ச்சியுடன் செயல்பட நினைத்திருந்தால் ‘ அம்மா உணவகம்’ அதே பெயரில் தொடர்ந்திருக்காது. காழ்ப்புணர்ச்சியுடன் செயல்படும் எந்த எண்ணமும் திமுக அரசுக்கு கிடையாது” என்று விளக்கம் கூறினார்.
இருந்தும் ஜெயலலிதா பல்கலைக்கழகம் சிதம்பரம் அண்ணாமலை பல்கலைக்கழகத்துடன் இணைப்பதற்கு எதிர்ப்பு தெரிவித்து எதிர்க்கட்சியினர் வெளிநடப்பு செய்தனர். பின்னர் இதுகுறித்து பேரவையில் பேசிய பள்ளிக்கல்வித்துறை அமைச்சர் அன்பில் மகேஷ், ஜெயலலிதா மறைந்த பிறகு தமிழ்நாட்டையே காணவில்லை என்றும், அதை மீட்டெடுக்கும் பணியில் புதிய அரசு ஈடுபட்டுள்ளதாக கூறினார்.