இந்திய அணியில் 2004 ஆம் ஆண்டு இறுதியில் அறிமுகமானார் தோனி. தன்னுடைய திறமையான இன்னிங்ஸ்களை வெளிப்படுத்தி 2007 ஆம் ஆண்டே இந்திய டி 20 அணிக்குக் கேப்டனாக நியமிக்கப்பட்டார். அதன் பின்னர் படிப்படியாக ஒருநாள் மற்றும் டெஸ்ட் போட்டிகளின் கேப்டன் பதவியையும் பெற்று இந்திய அணியை சிறப்பாக வழிநடத்தினார். 2019 ஆம் ஆண்டு சர்வதேசக் கிரிக்கெட்டில் இருந்து ஓய்வுபெற்ற அவர் இப்போது ஐபிஎல் தொடரில் மட்டும் விளையாடி வருகிறார்.