விஷ்ணு சம்பந்தப்பட்ட தெய்வங்களுக்கு மட்டும் துளசியால் பூஜை செய்யலாம். சிவன் சம்பந்தப்பட்ட ஈஸ்வரர்களுக்கு வில்வார்ச்சனை விசேஷம். தும்பை, வெள்ளெருக்கு, கொன்றை, ஊமத்தை கொண்டு அர்ச்சிக்கலாம்.
காலை நேரத்தில் தாமரை, புரசம்பூ, துளசி, நவமல்லிகை, நந்தியாவட்டை, மந்தாரை, முல்லை, சண்பகம், புன்னாகம் ஆகிய பத்துவிதமான மலர்களைக் கொண்டு இறைவனை வழிபட வேண்டும். தாழைமலரை மட்டும் சிவபெருமானுக்கு உபயோகிப்பது கூடாது. நடுப்பகலில் வெண்தாமரை, அரளி, புரசு, துளசி, நெய்தல், வில்வம், சங்குபுஷ்பம், மருதாணி, கோவிதாரம், ஓரிதழ் தாமரை ஆகியன கொண்டு பூஜை செய்தால் நன்மை அடையலாம்.
மாலையில் செந்தாமரை, அல்லி, மல்லிகை, ஜாதிமுல்லை, மருக்கொழுந்து, வெட்டிவேர், கஜகர்ணிகை, துளசி, வில்வம் ஆகியன உகந்தன. அறுகு, தும்பை, புன்னாகம், நந்தியாவட்டை, பாதிரி, பிருகதி, அரளி, சண்பகம் ஆகியவை அஷ்ட புஷ்பங்கள் எனப்படும்.
பூக்களுள் சிறந்தது தாமரைப்பூவே. விநாயகர் சதுர்த்தி தவிர மற்ற நாட்களில் பிள்ளையாருக்கு துளசி கூடாது. வாடிப்போன, அழுகிப்போன, பூச்சி கடித்த, முடி, புழு கொண்ட, காய்ந்த, நுகர்ந்த, தரையில் விழுந்த மலர்களை அர்ச்சனைக்கு உபயோகிக்கக் கூடாது.
சிவனுக்குத் தாழம்பூ கூடாது. விஷ்ணுவுக்கு அட்சதையால் அர்ச்சனை கூடாது. லட்சுமிக்குத் தும்பை கூடாது. சரஸ்வதிக்கு பவளமல்லி கூடாது. துளுக்க சாமந்திப்பூ அர்ச்சனைக்கு ஏற்றதல்ல. மலரை இதழ் இதழாக அர்ச்சனை செய்யக்கூடாது.
வெண்மையான பூக்கள் சாத்வீக குணம் கொண்ட பூக்கள். இவற்றை வைத்து இறைவனை பூஜை செய்தால் முக்தி கிடைக்கும். சிவப்பு வர்ணப் பூக்கள் இராஜச குணம் கொண்ட பூக்கள். இவற்றைக் கொண்டு அர்ச்சனை செய்தால் இகலோக இன்பங்களைத்தரும். பொன்மயமான மஞ்சள் வண்ணப் பூக்கள் கொண்டு பூஜை செய்து வந்தால் போகத்தையும், மோட்சத்தையும் தரும். மேலும் எல்லாக் காரியங்களிலும் சித்தி அடைய அவை உதவும். நம் பரம்பரை விருத்தி அடைய வைக்கும்.
கறுப்பு நிறம் கொண்ட பூக்கள் தாமச குணம் கொண்டவை. ஆகவே பொதுவாக இவற்றை உபயோகித்து பூஜை செய்வது கூடாது. துளசி, மகிழம், செண்பகம், தாமரை, வில்வம், மருக்கொழுந்து, மருதாணி, அருகு, நாயுருவி, விஷ்ணுக்ராந்தி, நெல்லி ஆகியவற்றின் இலைகள் பூஜைக்கு உரியவை.