இந்நிலையில் சில பொருட்களுக்கு அதிக அளவில் ஜிஎஸ்டி வசூலிக்கப்படுவதாக மக்கள் புகார் எழுப்பும் நிலையில், ஜிஎஸ்டி வரி விதித்தல் மீது மத்திய, மாநில அரசுகள் கட்டுப்பாடுகள் ஏற்படுத்த இயலாதா என்பது குறித்து கேள்வி எழுந்தது.
இதுகுறித்த வழக்கு ஒன்று உச்சநீதிமன்றத்தில் நடைபெற்ற நிலையில், இதுபற்றி கூறிய உச்சநீதிமன்றம் “ஜிஎஸ்டி கவுன்சிலின் பரிந்துரைகள் மத்திய மற்றும் மாநில அரசுகளை கட்டுப்படுத்தாது. ஜிஎஸ்டி முடிவுகளுக்கு எதிராக சட்டம் இயற்ற மாநில அரசுகளுக்கு அதிகாரம் உள்ளது” என கூறியுள்ளது.