கோவைக்காயின் முழுத் தாவரமும் மருத்துவப் பயன் கொண்டது. கோவைக்காய் இலை இருமல், ஆறாத புண்கள், சிரங்கு, உடல் சூடு, நீர்ச் சுருக்கு ஆகியவற்றைப் போக்கும். கோவைக்காய், கரப்பான், ஜலதோஷம், நீரழிவு போன்ற நோய்களுக்கு மருந்தாகும். கோவைக்காய் வேர், குஷ்டம், பிரமேகம், வாத நோய்கள் ஆகியவற்றுக்கு மருந்தாகும்.
கோவைக்காயில், சாம்பார், கூட்டு போன்றவை செய்து உணவுடன் சேர்த்து சாப்பிட்டு வர வயிற்றுப் புண், வாய்ப்புண், உதடு வெடிப்பு ஆகியன குணமாகும்.
கோவைக்காய் இலைச் சாற்றை சம அளவு தேங்காய் எண்ணெயுடன் சேர்த்துக் கொதிக்க வைத்து, வடிகட்டி வைத்துக் கொண்டு, மேல் பூச்சாகப் பூச வேண்டும். மேலும் ஒரு பிடி இலையை ஒன்றிரண்டாக நசுக்கி இரண்டு டம்ளர் நீரில் இட்டு பாதியாக காய்ச்சி, வடிகட்டி குடிக்க வேண்டும். 7 நாட்களுக்கு காலை, மாலை வேளைகளில் இவ்வாறு செய்து வர படை, சொரி, சிரங்கு போன்றவை குணமாகும்.