மதரஸா பள்ளிகள் சட்டம் இந்திய மதச்சார்பின்மை கொள்கைக்கு எதிராக உள்ளதாக உயர் நீதிமன்றம் கூறியிருந்ததுடன், மதரஸா பள்ளிகளில் படிக்கும் மாணவர்களை வேறு பள்ளிகளுக்கு மாற்றம் செய்யவும் அலகாபாத் உயர் நீதிமன்றம் உத்தரவிட்டது.
இவ்வழக்கு உச்ச நீதிமன்றத்தில் மேல்முறையீடு செய்யப்பட்டு வழக்கு விசாரணை நடந்து வந்த நிலையில், இவ்வழக்கில் மதரஸா கல்வி வாரியச் சட்டம் செல்லாது என்ற அலகாமாத் உயர் நீதிமன்றத்தின் தீர்ப்பிற்கு உச்ச நீதிமன்றம் தடைவிதித்துள்ளது.
இதில், மதரஸா சட்டத்தை உயர் நீதிமன்றம் தவறாக புரிந்துகொண்டு தீர்ப்பு வழங்கியுள்ளது. மதரஸா சட்டம் மதக் கல்வி கற்பிப்பது தொடர்பான விதிமுறைகளை வகுக்கவில்லை. மதரசாக்களை ஒழுங்குபடுத்துவதே மதரசா கல்வி வாரியச் சட்டத்தின் நோக்கம் என்று தெரிவித்துள்ளது.