இந்நிலையில் சில மாதங்களாகவே ஆருணி மிகக்கடுமையான தலைவலியால் பாதிக்கப்பட்டார். இதற்கு சிகிச்சை பெறுவதற்காக அவரது பெற்றோர் அவரை திருவனந்தபுரத்தில் உள்ள தனியார் மருத்துவமனையில் அனுமதிக்கபட்டனர். இதில் ஆருணிக்கு என்ன நோய் என்பது தெரியாமலேயே, சிகிச்சை பெருகையிலேயே உயிரிழந்தார். ஆருணியில் மரணம் அனைவருக்கும் சோகத்தை ஏற்படுத்தியுள்ளது.
