இந்திய அணியில் 2004 ஆம் ஆண்டு இறுதியில் அறிமுகமானார் தோனி. தன்னுடைய திறமையான இன்னிங்ஸ்களை வெளிப்படுத்தி 2007 ஆம் ஆண்டே இந்திய டி 20 அணிக்குக் கேப்டனாக நியமிக்கப்பட்டார். அதன் பின்னர் படிப்படியாக ஒருநாள் மற்றும் டெஸ்ட் போட்டிகளின் கேப்டன் பதவியையும் பெற்று இந்திய அணியை சிறப்பாக வழிநடத்தினார்.
2007 ஆம் ஆண்டு டி 20 உலகக் கோப்பை, 2011 ஆம் ஆண்டு 50 ஓவர் உலகக் கோப்பை மற்றும் 2013 ஆம் ஆண்டு சாம்பியன்ஷிப் ஆகிய கோப்பைகளை அவர் தலைமையில் இந்திய அணி வென்றது. 2019 ஆம் ஆண்டுக்கு பிறகு சர்வதேச போட்டிகளில் இருந்து விலகிய தோனி இப்போது ஐபிஎல் போட்டிகளில் மட்டும் விளையாடி வருகிறார். அடுத்த ஆண்டு ஐபிஎல் தொடரோடு அவர் ஓய்வு பெறுவார் என எதிர்பார்க்கப்படுகிறது.
இந்நிலையில் மூட்டுப்பகுதியில அறுவை சிகிச்சை செய்துகொண்ட தோனி இப்போது முழுமையாக குணமாகிவிட்டார் என சி எஸ் கே அணியின் தீபக் சஹார் தெரிவித்துள்ளார். இது சம்மந்தமாக பேசியுள்ள அவர் “தோனி இன்னும் 2 அல்லது 3 சீசன்கள் விளையாடவேண்டும்” எனக் கூறியுள்ளார்.